Situado no Japão em 1999, Godzilla conta a história de um antigo predador que veio do oceano a fim de tomar posse de inimigos que estão ameaçando a sobrevivência da humanidade. À medida que o filme continua, as criaturas em conflito se aproximam cada vez mais de seu último campo de batalha de São Francisco, onde tudo chega a um ponto em que o Godzilla luta para proteger a Terra.