Os três primeiros episódios desta série detalham toda a trama. Morisato Keiichi é um estudante do Nekomi Institute of Technology no Japão; um típico aluno do segundo grau universitário, com pouco dinheiro ou respeito de seus senpai (idosos) que dirigem o Motor Club ao qual ele pertence. Como ele é o menos idoso, seu senpai o obriga a ficar para levar mensagens enquanto eles saem para uma festa. Uma mensagem, diz-se a ele, é tão importante que ele tem que chamar seu senpai de volta quando ela chega. Sozinho e entediado, Keiichi finalmente recebe a mensagem e faz a chamada para seu senpai na hora marcada. Entretanto, o destino intervém, Keiichi inadvertidamente disca um número errado, e recebe uma linda voz feminina que lhe diz que ele chegou à "Goddess Assistace Agency Help Line". Antes que ele possa objetar, a voz diz que ela estará logo ali. Segundos depois, do espelho em sua parede, uma jovem estranha e bela mulher aparece, flutua em seu andar, chama-o pelo nome e anuncia que ela é a Deusa Belldandy, e porque sua vida foi cheia de sofrimento pelo qual ele nunca perdeu seu senso inato de bondade e direito, o céu decidiu conceder a Keiichi um único desejo para qualquer coisa que ele possa imaginar. Após conversar com Belldandy e se convencer de que ela poderia ser apenas uma verdadeira deusa, Keiichi proclama seu desejo: "Desejo que uma deusa como você fique ao meu lado para sempre"! Quando o desejo é concedido pelo Céu, começa um mundo e uma vida inteiramente novos tanto para Keiichi quanto para Belldandy, e tudo o que está ligado a elas na Terra e no Céu. O que só serve para mostrar... cuidado com o que você deseja, porque pode se tornar realidade.