Acontece no ano de 1937, na véspera da Segunda Guerra Mundial, a história envolve uma misteriosa organização de treinamento de espionagem conhecida como a "Agência D". A organização é estabelecida pelo Tenente Coronel Yuuki, do Exército Imperial Japonês. Seus ideais o levam a recrutar pessoas além dos graduados e pessoal da academia militar, enquanto os treina para se tornarem agentes qualificados nas artes da manipulação. Estes agentes se tornariam uma equipe especializada para conduzir operações. Um desses agentes anti-heróis, sob o nome de Jirou Gamou, vai em uma missão angustiante para descobrir documentos secretos intitulados "Notas Negras", enquanto luta contra as forças de dentro e fora de suas próprias fileiras.