Quando a família Trager vê alguém em necessidade, eles ajudam. É assim que eles acabam acolhendo o adolescente amnésico Kyle. O que eles não percebem no início é que Kyle possui poderes extraordinários. Mas essas habilidades psíquicas vêm à custa de algumas experiências humanas básicas. Kyle XY é essencialmente emocional, mas a família Trager está pronta para ajudá-lo a descobrir o que é ser humano. Mas eles logo compreendem o que está em jogo. As pessoas por trás dos poderes misteriosos de Kyle não estão felizes por seu projeto secreto ter saído à solta, e estão dispostas a tomar medidas extremas para trazê-lo de volta.