Todas as pessoas da cidade de Shimoda foram mortas por uma praga. O governo local, o clã Togugawa, enviou uma equipe de ninjas para investigar, mas todos, exceto um deles, foram dizimados por forças misteriosas. A única sobrevivente é uma mulher, Kagero, que é levada como prisioneira. Um samurai mercenário, Jubei, salva-a, mas seu interesse em sua missão e causa é temporário.