Em meados da Terceira Guerra Mundial, em 1999, uma nave espacial alienígena se despenhou na deserta Ilha Macross. Em resposta a este evento, um cessar-fogo é declarado quando a nave revela evidências de uma potencial ameaça extraterrestre que poderia vir a recuperá-la. Em resposta, as nações do mundo se unem para criar a Marinha Espacial das Nações Unidas (UN Spacy). Em dez anos, o navio é reconstruído como Super Dimensional Fortress One (SDF-1) e sua tecnologia é adotada para uso. No dia do seu lançamento formal, o Zentradi chega determinado a recuperar o navio intacto. Como a Terra se defende, também vemos as vidas pessoais da tripulação e dos residentes da nave à medida que a guerra os muda profundamente. Enquanto isso, os Zentradi aprendem que seu inimigo se assemelha a seus criadores, a Protocultura, um fato que ameaça levar esta guerra por caminhos que ninguém pode prever.