No ano de 2199, a Terra é invadida por uma raça extraterrestre conhecida como os Gamilon, que vêm de um planeta moribundo e decidem fazer da Terra seu novo lar. Os Gamilon prosseguem com a chuva de bombas radioativas na Terra, tornando a superfície do planeta árida e inabitável (mas hospitaleira para sua raça). A frota espacial da Terra é irremediavelmente superada pelos Gamilon e tudo parece perdido... até que uma misteriosa sonda espacial seja recuperada em Marte. A sonda contém plantas e uma mensagem da Rainha Starsha do planeta Iscandar, que afirma ter um dispositivo que pode limpar a Terra de seus danos por radiação. As plantas são de uma super nave que pode permitir que qualquer nave se dirija à Iscandar (situada em outra galáxia) e volte em um ano, e com estes planos os habitantes da Terra reconstruíram secretamente uma nave de batalha japonesa, a Yamato, em uma grande nave de batalha espacial. Uma grande tripulação intrépida de 999 partiu para a Iscandar na Yamato para exigir o dispositivo... mas com a ameaça dos Gamilonos, será que eles podem ser bem sucedidos no tempo?